Studiował kompozycję w krakowskiej Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w klasie Stanisława Wiechowicza, a po jego śmierci – u Krzysztofa Pendereckiego. W latach 1964, 1966 i 1968 studia w zakresie kompozycji oraz gry na fortepianie uzupełniał pod kierunkiem Nadii Boulanger w Paryżu. Mąż Danuty Gwizdalanki. Przedstawiciel Szkoły polskiej. Spadkobierca tradycji awangardy, kontynuator idei odrodzenia muzyki polskiej w ramach otwarcia na świat po odwilży 1956 roku i powstania Festiwalu Warszawska Jesień. Przyjaźnił się z największymi twórcami swoich czasów: Krzysztofem Pendereckim, Witoldem Lutosławskim, Dymitrem Szostakowiczem.
Skomponował ponad 100 utworów. Spośród nich wymienić należy operę Cyberiada według opowiadań Stanisława Lema, oratorium Stworzenie świata, Mszę na chór mieszany i orkiestrę i dziewięć symfonii na różne obsady orkiestrowe i wokalne. Instrumentalny dorobek Meyera to 15 koncertów oraz 15 kwartetów smyczkowych, a także kilkadziesiąt utworów kameralnych i solowych, najczęściej przeznaczonych na fortepian i wiolonczelę, ale również na organy i saksofon.
Przez wiele lat występował jako pianista, w wielu krajach prowadził również wykłady poświęcone muzyce współczesnej. Przez czternaście lat uczestniczył w pracach komisji programowej Międzynarodowego Festiwalu Muzyki Współczesnej „Warszawska Jesień”, a w latach 1985–1989 był prezesem Związku Kompozytorów Polskich.
Krzysztof Meyer jest także autorem monografii Dymitra Szostakowicza, współautorem dwutomowej monografii Witolda Lutosławskiego, jak również stu kilkudziesięciu artykułów, głównie poświęconych muzyce współczesnej, publikowanych w Polsce i za granicą. Jego muzyka prezentowana jest na całym świecie zarówno na festiwalach muzyki współczesnej, jak i w ramach sezonów koncertowych instytucji muzycznych.
Krzysztof Meyer jest klasykiem współczesności. Sukces jego muzyki potwierdzają liczne nagrania płytowe, prezentujące większość jego opusów. Wszyscy współpracujący z nim wykonawcy zachwycają się jego wszechstronną wiedzą, genialną pamięcią i słuchem muzycznym, absolutną znajomością całego repertuaru muzyki symfonicznej i kameralnej. Krzysztof Meyer nie stroni także od żartów. Jego symfonia w stylu Mozarta, zapowiadana podczas premiery jako mało znany utwór geniusza z Salzburga… tak też została odebrana. W poprzednich epokach o sekrety instrumentacji pytano Hectora Berlioza, Richarda Straussa. Dziś pyta się o nie Krzysztofa Meyera! Mistrz, erudyta, przyjaciel muzyków, entuzjasta piękna w muzyce. Złoty Fryderyk jest w jego rękach wspólną radością całego – nie tylko polskiego – środowiska muzycznego – podkreśla Łukasz Borowicz, dyrygent, członek Rady Akademii Fonograficznej.